Puerto Santo Tomás de Castilla se encuentra ubicado en el departamento de Izabal, Bahía de Amatique, región nororiental República de Guatemala, en las coordenadas geográficas (Longitud Oeste 88º37` Costa Atlántica / Latitud Norte 15º42` Mar Caribe) a 295 kilómetros de la Ciudad Capital.
Su canal de acceso tiene un ancho de 90 metros y una longitud de 10,700 metros con 11 metros de profundidad y un área de Dársena de 677,640 m².
El muelle comercial es tipo marginal con una longitud de 914 metros dividida en 4 atracaderos de 228.5 metros, en donde se prestan servicios a buques portacontenedores, multipropósitos, cruceros, así como carga a granel sólida y líquida.
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