La Comisión Portuaria Nacional tendrá como principales funciones las siguientes:[1]
1) Defender los intereses nacionales en todos los asuntos que se relacionan con la actividad portuaria y representar a la Nación ante los Organismos Nacionales e Internacionales, referentes con esa actividad, especialmente ante la Comisión Centroamericana de Transporte Marítimo (COCATRAM).
2) Efectuar un estudio sobre la mejor forma de llevar a cabo la fusión de los activos y la unificación administrativa de las empresas portuarias nacionales y proponer las recomendaciones y medidas correspondientes, a partir de la vigencia del Acuerdo Gubernativo mediante el cual se crea la Comisión.
3) Realizar los estudios necesarios para el establecimiento de una política nacional de desarrollo portuario en los campos de construcción, ampliación, operación, mantenimiento, explotación y administración de puertos, así como formular recomendaciones sobre actividades relacionadas con el tráfico, servicios de seguridad e instalaciones y facilidades de comunicación.
4) Determinar los factores que conforman los costos de las terminales portuarias nacionales y sugerir normas comunes sobre tráfico, tarifas de muelle y demás tasas portuarias.
5) Sugerir al Organismo Ejecutivo las medidas pertinentes para coordinar las actividades de las empresas portuarias nacionales.
6) Aprobar su propio presupuesto y emitir opinión acerca de los presupuestos de cada una de las empresas portuarias, antes de enviarse al Organismo Ejecutivo para su aprobación.
7) Las demás funciones que le corresponden en su calidad de comisión de estudios y de asesoría al Organismo Ejecutivo, en materia portuaria.
8) La Comisión Portuaria Nacional debe cumplir con la capacitación de personal, asesoría marítima y portuaria, contratación de estudios y compra de equipo.[2]
[1] Acuerdo de Creación de la Comisión Portuaria Nacional, 10 de marzo de 1972.
[2] Acuerdo Gubernativo No. 167-93 del Presidente de la República.